某座工业地带接连发生怪兽出没事件，弦人队长带领SKaRD展开迎击，并成功击倒一只又一只怪兽。经过调查，SKaRD怀疑这些事件与当地负责怪兽残骸处理和研究的先进化学企业“尼克罗玛斯公司”有关，于是立即前往拜访该公司的最高运营者，同时也是世界顶尖化学研究者之一的马布塞博士。
尼克罗玛斯公司的研究所正在研发一种与生命根源相关、据称能够实现长生不老的物质“达姆特辛”，项目即将完成之际，神秘宇宙人“达姆诺星人”突然现身，并自称“宇宙霸者”。与此同时，研究所内一只破损容器泄漏出的达姆特辛吞噬了怪兽样本，最终孕育出恐怖的巨大怪兽——妖骸魔兽贡吉尔冈。以日本首都为战场，布莱泽奥特曼与SKaRD即将迎来一场与大怪兽之间的激烈决战。
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