0088年6月6日，新吉恩军向地球投放先遣部队。经过两个月的行动，新吉恩于8月1日正式展开对地球的进攻。8月29日，他们占领达卡尔，并吸收了大量旧公国军和提坦斯残党。局势自此迅速恶化。10月31日，新吉恩发动卫星坠落战术，最终迫使地球联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3交给新吉恩，作为其撤出地球的条件。
然而，哈曼的政治手腕与军事才能并不能让所有追随者信服。圣诞节期间，新吉恩年轻军官格雷米为了独自振兴吉恩，在阿克西斯发动叛乱，率军脱离新吉恩。面对接连不断的剧变，代表联邦作战的军事组织奥古仍在布莱德等领导者的指挥下，进行着艰苦的抵抗。
此时，奥古的主力战士是一群来自殖民卫星的孩子，他们以少年捷多·亚西塔为首。捷多驾驶的机体，是阿纳海姆电子公司以卡缪为核心推进的Z计划最终成果——可变形机动战士MSZ-010高达ZZ。捷多的恋人露·鲁卡驾驶Z高达，其他同伴则分别操纵高达MK Ⅱ等机体。
如同阿姆罗和卡缪一样，捷多也是一名拥有强大力量的NEW TYPE。但也正因为如此，他似乎注定要被卷入接连而来的悲剧。在战场上，捷多与新吉恩的NEW TYPE少女璞露相遇，两人产生共鸣并逐渐消除了敌意。之后，璞露的克隆体璞露2，也就是璞露茨，同样与捷多建立了联系。然而，为了保护捷多，璞露和璞露茨最终先后牺牲。
在露的鼓励下，捷多终于走出悲痛与消沉。与此同时，露也亲手击毙了新吉恩叛军首领格雷米。0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军向阿克西斯发动最后进攻。战火中，捷多与哈曼为了各自坚守的理想和信念展开决战。经过一场激烈厮杀，哈曼·卡恩战死，这场席卷宇宙的动乱也终于落下帷幕。
和平的曙光再次出现，捷多与露一同踏上了前往木星的旅程。对他们来说，那段出生入死的生活已经结束，崭新的未来正在前方等待。然而，对于宇宙中绝大多数平民而言，真正的和平又究竟何时才能到来？
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