《20世纪少年：第二部 最后的希望》将故事带到2015年。2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明 饰）率领同伴竭力阻止“朋友”毁灭人类的计划，却最终以失败收场。此后，贤知一行反被污蔑为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则摇身一变成为受世人崇拜的救世主。
十五年过去，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨 饰）已经成长为一个个性鲜明、桀骜不驯的少女。她无法接受教科书对舅舅的诋毁，常常因此与老师发生争执。校方最终决定将她与同样质疑血腥除夕夜真相的女孩小泉响子（木南晴夏 饰）一起送进“朋友乐园”。与此同时，一名曾在“朋友乐园”接受改造的异装癖男子意外得知“朋友”的秘密，随后遭到警方杀害。亲眼目睹这一切的神乃，决心深入“朋友乐园”，查明背后的真相。
另一边，日本即将举办新的万国博览会，罗马教宗也计划在此期间访问日本。被囚禁于萤火虫集中营的阿区（丰川悦司 饰）成功越狱，贤知阵营中幸存的伙伴们也再次聚集。随着各方势力在暗中涌动，人类的命运即将迎来新的转折。
本片改编自浦泽直树的同名漫画，片中人物名称均采用原著漫画中文版译名。
科幻片