《星空防卫队》的故事发生在公元二千多年。那时，地球正面临前所未有的危机：无数彗星穿过太阳系，并将在不久的将来撞向地球，给人类带来巨大的灾难。
为了应对危机，人类成立了行星危机管理机构，在卫星轨道上建造彗星迎击基地，并着手清除一切可能威胁地球的天体。迎击部队中最受瞩目的，是驾驶装备特殊ミサイル的宇宙迎击机、参与彗星破坏行动的驾驶员。他们被称为コメットブラスター，随着行动不断展开，这群人的存在也逐渐为世人所知。
与此同时，地球各地陆续建起多座超高度迎击基地。其中，有一座基地专门供配备特殊ミサイル的迎击部队メテオスイーパー使用，负责消灭那些在宇宙中未被击碎的巨大碎片。基地内还设有训练设施，为那些希望成为コメットブラスター、取得在宇宙工作的资格的人提供训练。
尽管地球仍会遭受小陨石的袭击，但在人们的努力下，地球一次又一次从灭亡危机中幸存下来，并延续至今。
之后，数十年过去了——
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