《分身战士》的故事发生在一块神秘的失落大陆。受大陆特殊环境影响，部分居民获得了超能力，并被称为超能力者。刘凤和一马原本立场对立，因信念不同而分别为不同势力效力。刘凤名正言顺地为政府工作，借助超能力战士压制当地居民中的超能力者，防止他们引发事端；一马则被视为反派，为失落大陆的居民争取真正的自由与独立。
一马始终坚信，只有凭自己的力量争取到的自由才是真正的自由，依靠他人给予的自由，随时也可能被他人收回。因此，他拒绝投靠刘凤，两人也由此展开了一场又一场的战斗。一次意外中，刘凤失去了记忆，流落到失落大陆。在亲身经历当地居民的遭遇、逐渐接触到事情的另一面后，他开始意识到自己过去的观念并不完整，最终选择站到原大陆居民一边，却因此遭到原组织的追杀。得知全部真相后，刘凤与一马化敌为友，成为并肩作战的伙伴，并决定共同击败真正导致这一切的幕后罪魁祸首。
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