《白色巨塔2006》讲述台湾联大医院里的权力角逐与人性挣扎。外科主治医师苏怡华（言承旭 饰）年轻有为，性情善良，一心想成为真正的好医生，只希望帮助病人摆脱疾病带来的痛苦。随着老院长即将退休，外科主任唐国泰（吴孟达 饰）和内科医生徐大明成为院长接任的热门人选。面对难得的升迁机会，两人逐渐从暗中较劲走向公开对立。
就在此时，台湾领导人的女儿刘心萍（Sanya 饰）因患白血病住进联大医院，受到院方高度重视。她的治疗也成为内科与外科争夺主导权的焦点，一场披着白色医袍、充满算计与欲望的人性较量由此展开。与此同时，苏怡华还要和外科副主任邱庆成（戴立忍 饰）共同面对纠缠难解的感情关系。在这座医院里，医生可以医治病人，却未必能够治愈自己的情感与困境。
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