敌后武工队1995讲述了1942年冀中平原上的抗日斗争。日本宪兵、汉奸和伪警察等数百人包围东王庄，并架起机枪疯狂扫射，造成乡亲们死伤惨重。得知消息后，武工队员们义愤填膺，纷纷向队长魏强请战，决心为百姓报仇。
魏强带领队员化装成伪警察潜入城中，机智地活捉了中闾镇伪警察所所长哈巴狗，并将他押回东王庄准备公审。庆祝期间，哈巴狗趁机逃回保定城，向夜袭队长刘魁胜报告，却撞见刘魁胜正在调戏自己的老婆小红云。哈巴狗打了刘魁胜一个耳光，刘魁胜便反咬一口，诬陷他私通武工队。为了活命，哈巴狗只得将妻子小红云让给刘魁胜。
保定南关火车站站长小本次郎也觊觎小红云，便派段长万顺邀请她到车站说书。小红云不甘受辱，以剪刀割腕自杀。刘魁胜面对日本人敢怒不敢言，魏强则利用他们之间的矛盾，带领武工队夜袭车站，击毙了小本次郎和段长万顺。松田将两人的死归咎于刘魁胜，杀死刘魁胜后，任命哈巴狗接替夜袭队长。
最终，武工队一举扫平夜袭队，击毙哈巴狗，并炸毁宪兵队总部，为东王庄的乡亲们报了仇，也极大鼓舞了人民抗日的士气。
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