数码宝贝2国语讲述了太一一行人告别数码世界后，通往人类世界的大门并未关闭，而数码世界也只恢复了短暂的平静，新的纷争便再次爆发。为了守护数码世界与人类世界的和平，一批新的被选召孩子肩负起了战斗使命。此时，太一、阿和、素娜等人已经陆续成为初中生，难以再抽出足够的时间与数码宝贝并肩作战，阿武和小光则成为新一代队伍的核心。本宫大辅、井之上京、火田伊织等新成员加入其中，他们不仅与亚古兽、加布兽等熟悉的数码宝贝并肩作战，也迎来了新的数码宝贝伙伴。在第一代被选召孩子的带领下，新一代守护者们踏上了对抗邪恶势力、维护两个世界和平的征程。
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