数码宝贝2日语讲述了太一一行人告别数码世界后发生的故事。虽然通往人类世界的大门并未关闭，但数码世界并没有因此恢复平静，新的纷争很快再度爆发。为了守护数码世界与人类世界的和平，数码世界急需新一批被选中的孩子。
此时，太一、阿和、素娜等人已经陆续成为初中生，难以再抽出足够的时间与数码宝贝并肩战斗，只有阿武和小光成为新一代的核心领导者。本宫大辅（木内玲子配音）、井之上京（夏树莉绪配音）、火田伊织（夏树惠配音）等孩子接过了守护两个世界的重任。在亚古兽、加布兽等熟悉的数码宝贝之外，新的数码宝贝也加入战斗。在第一代被选中孩子的带领下，新一代数码宝贝与守护者们共同迎战邪恶势力。
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