《圣斗士星矢天界篇序奏-Overture》中，与冥王哈迪斯之间的惨烈战争终于落幕，世界重归光明。然而，这场胜利付出了极其沉重的代价，黄金圣斗士全员战死，星矢虽在最后决战中侥幸生还，却失去了五感，几乎沦为废人。
来之不易的和平并未持续太久。在经历撒加叛乱、海神波塞冬以及冥王哈迪斯带来的危机后，新的邪恶力量再次降临人间。太阳神阿波罗，身为女神雅典娜的哥哥，此次率领神斗士现身，并企图将全人类彻底消灭。面对这场前所未有的灾难，雅典娜与她麾下的圣斗士将迎来最严峻的考验。
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