《精灵宝可梦：裂空的访问者代欧奇希斯》的故事从拉鲁斯市上空展开。代欧奇希斯与裂空坐展开激战，先以防御型态抵挡攻击，随后又转为攻击型态发动反击。市内广播不断提醒居民紧急避难，慌乱的人群纷纷撤离。小超混在人群中逃生，既困惑于代欧奇希斯为何还活着，也在途中遇见了一只悲伤的正电拍拍。虽然他一看到神奇宝贝便受到惊吓，但听见正电拍拍的求救声后，还是决定帮忙救出被困在垃圾桶里的负电拍拍。没想到负电拍拍突然冲出，紧接着小卡比兽也从垃圾桶里冒了出来，小超当场吓得昏了过去。
小智赶到后设法叫醒小超，可小超醒来后却嫌他多管闲事。此时小遥、小刚、正太、阿隆、小瞳以及正太的双胞胎妹妹大鸟和凯萨琳也来到现场。正当小智催促大家赶紧避难时，一束死光击中他们附近的地面，众人惊慌逃开。小超带着大家前往自己曾去过的玻璃温室植物园，却发现入口的读卡机发生故障。正太只好徒手扳开大门，众人这才顺利进入。
阿隆见到小智后出言嘲讽，认为小智既然已经惨败，就应该羞愧地离开拉鲁斯市。小智气得要求再比一场，小遥连忙劝阻。大鸟和凯萨琳也替哥哥加油，声称正太绝不会输给小智。小瞳随后向小智介绍了两位妹妹，自己则是正太和她们的母亲小瞳。小刚一如既往地对小瞳表现出热情，小胜赶紧把他的耳朵拉走。
为了打发避难时间，小瞳拿出笔记型电脑查询那只DNA神奇宝贝的资料，却找不到任何关于代欧奇希斯的记录。面对小智等人的追问，小超终于说起四年前的往事。那时，一颗陨石坠落地表，从陨石中诞生了被伦多博士命名为代欧奇希斯的神奇宝贝。由于代欧奇希斯闯入裂空坐的大气层领域，双方随即展开激战。最后，裂空坐使用破坏死光击中代欧奇希斯，将它轰成无数碎片。阿隆和正太都不相信小超的说法，并追问既然代欧奇希斯当年已经被击碎，为什么如今还活着。对此，小超也无法给出答案
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