《精灵宝可梦：七夜的许愿星 基拉祈》讲述了千年彗星即将划过夜空之际，一段奇妙旅程就此展开。立志成为优秀神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘来到恩斯游乐场，准备见证千年彗星出现的瞬间，也在那里结识了魔术师巴特勒与戴安。
魔术表演期间，小胜听见了微弱的呼唤声。原来，沉睡在沉眠之茧中的神奇宝贝基拉祈已经等待了千年。传说，只有在千年彗星现身的夜晚，遇到拥有纯真心灵的伙伴，基拉祈才会苏醒，而它还能够帮助人类实现愿望。于是，巴特勒请小胜成为基拉祈的伙伴。随着绚丽如万花镜般的光芒闪耀，基拉祈终于从沉睡中醒来。
然而，基拉祈只能在世间停留七天，之后便会再次消失。第一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜对它格外珍爱，与基拉祈建立了深厚的感情。与此同时，野心勃勃的魔术师巴特勒得知基拉祈拥有强大的力量，便将它强行带走，企图借助这份力量实现自己的愿望。
巴特勒究竟隐藏着怎样的目的？面对重重困难，小智和小胜能否成功救出基拉祈？短暂的七天过去后，小胜与基拉祈又将迎来怎样的离别？
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