小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）和小霞（饭塚雅弓 配音）继续踏上修业之旅，来到水之都奥多马雷，参加一场紧张刺激的水上竞赛。关于这座城市，流传着一个古老传说：很久以前，一对老夫妇收养了被遗弃的兄妹。邪魔降临之际，兄妹化身为拥有强大力量的神奇宝贝拉帝欧斯与拉帝亚斯，成功击退邪魔，并将名为“心灵水滴”的宝石赠予奥多马雷居民，作为守护城市的力量。如今，这颗神圣的宝石却成为一对盗贼姐妹（释由美子 配音）觊觎的目标。她们一路追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音），却在途中遭遇小智并受到阻挠。随着贪欲不断蔓延，水之都即将面临前所未有的灾难。本片是神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
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