《夜樱家的大作战第二季Part 2》中，夜樱家与众人联手歼灭了皮下真率领的犯罪组织「蒲公英」，「夜樱前线」行动圆满成功，太阳和六美也顺利举办了婚宴。夜樱家本以为终于迎来了平静的日常，新的任务却接踵而至。
某天，太阳在梦中见到了夜樱家的初代当家夜樱蕾。蕾告诉他，想要实现“杀了我”的愿望，还缺少两个不可或缺的东西。为了按照蕾的指示接近掌握关键线索的皮下，太阳决定挑战银级特务考试。然而，关于今年“不会有任何人合格”的传言早已甚嚣尘上，最为凶狠的考官们正等待着他的到来。
与此同时，六美等人的父亲夜樱百露出了无畏的笑容，并开始采取行动。这个始终笼罩着重重谜团的男人，究竟有着怎样的目的？接连不断的事件降临夜樱家，家人之间的羁绊也将面临考验。电视动画《夜樱家的大作战》全新篇章，就此拉开序幕。
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