《机动战士高达闪光的哈萨维喀耳刻的魔女》将故事设定在“夏亚的反叛”引发的第二次新吉翁战争结束12年后，即宇宙世纪105年（U.C.0105）。此时，一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织通过暗杀政府高官，向实行强权统治的地球联邦政府发起反抗。
马夫蒂的首领马夫蒂·纳比尤·艾林，真实身份是曾与阿姆罗·雷并肩作战的“一年英雄”布莱特·诺亚之子哈萨维·诺亚。尽管少女琪琪·安达露西亚凭借自身展现出的奇异力量和言语不断牵动着他，哈萨维依旧为了实现马夫蒂的目标，坚定地推动着计划。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，收到了刑事警察机构汉德利·约克桑提出的秘密合作邀约。哈萨维与凯奈斯分别朝着各自的目标行动之际，琪琪也为了完成自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
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