《星与翼的悖论》讲述了发生在现代日本与宇宙巡星之间的奇异相遇。
生活在现代日本的高中生ヨウ梦想成为音乐家，却因父母的反对以及乐队成员间复杂的人际关系而苦恼，始终无法决定自己的未来。某天，他走过涩谷十字路口时，脑海中突然响起求救声，紧接着便被白光包围。
与此同时，漂浮于宇宙中的巡星正处于漫长的战争阴影之下。为了争夺能源星血，ヴ・レード惺王国与轰ア・スレッガ国之间的战争持续至今，双方即将举行休战调停仪式。然而就在此时，一块巨大的轨道残骸坠落，普尔加德队的ヴィーゴ拼命展开应对。为了救下ヴィーゴ，机器人维修师ラコ驾驶着尚未完成整备的机体起飞，却陷入千钧一发的危机。
一道闪光过后，受损严重的ラコ驾驶机成功将残骸引向海面，化解了灾难，但ラコ也因此失去意识。陷入昏迷的他，在意识深处与ヨウ相遇。
ヨウ与ラコ的相逢究竟意味着什么？作为彼此相连、合而为一的两人，他们又将迎来怎样的命运？
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