我心里危险的东西剧场版讲述了市川京太郎与山田杏奈之间逐渐靠近的青春故事。市川是个沉迷于杀人大百科、解剖图鉴等书籍，甚至有些中二病过头的男生，一直沉浸在属于自己的安静世界里。直到班上的风云人物山田杏奈闯入他的日常：她会在图书室里大口吃御饭团，哼着小曲儿，偶尔还毫无预兆地凑到市川身边。面对山田捉摸不定的举动，市川起初既困惑又不知所措，却在不知不觉间被她占据了全部心思。
与此同时，山田也在一次次与市川的交流中，渐渐开始在意起这个特别的男生。两人第一次感受到喜欢的心情，在擦肩而过的误会与笨拙却真诚的心意中不断前进。他们跨越了一个又一个小小的障碍，虽然彼此的距离拉近得缓慢，却始终坚定不移。
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