名侦探柯南国语版讲述了高中生侦探工藤新一的故事。作为全国知名的高中生侦探，新一在追查黑衣人犯罪团伙时被成员发现，遭到击晕并被强行喂下神秘药物，身体竟然变回了小孩。为了躲避犯罪团伙的报复并继续暗中调查、寻找解药，新一求助于一直支持他的阿笠博士。博士不仅帮助他隐藏身份，还为他制作了许多实用的侦探装备。
一天，新一的女友毛利兰来到阿笠博士家寻找他的下落，意外遇到变成小孩的新一。情急之下，新一谎称自己叫江户川柯南，随后寄住在小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南便借着协助他四处办案的机会，继续追查黑衣人犯罪团伙的踪迹。进入小学后，柯南结识了步美等同学，几人共同组建少年侦探团，踏上了与罪犯斗智斗勇的冒险之路。
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