《名侦探柯南：纯黑的恶梦》（国语版）以一个漆黑的夜晚拉开序幕：一名间谍潜入日本警方的某处机构，盗走了存有各国谍报机构重要资料的绝密数据。日本警方与FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）随即展开追捕，最终，逃亡者连同车辆一起坠下悬崖。
第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们前往东都水族馆游玩，却在那里遇见一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。女子不仅失去了记忆，随身携带的手机也已经损坏，无法正常使用。柯南等人决定帮助她找回记忆，而就在众人议论纷纷之时，躲在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）正冷冷地注视着这一切。随着相处逐渐深入，女子展现出的惊人身手以及异常的言行举止，令灰原哀（林原惠美 配音）开始怀疑她的真实身份。
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