《海底回家路》讲述了小鱼伊莎贝尔寻找父亲、回归家庭的冒险故事。她出生在一个水族箱里，是哈罗德的女儿。由于身上长着难看的斑点，还缺少一些鳞片，伊莎贝尔经常遭到鱼群嘲笑。鱼群首领瑟斯顿警告哈罗德，必须把女儿藏起来，否则一旦被人类发现，他们就会被丢进大海。
然而，天性爱玩的伊莎贝尔还是被人类发现了。就在她和哈罗德被投入海中时，突如其来的巨浪将水族箱里的鱼儿全部卷进浩瀚的大海，父女俩也因此失散。伊莎贝尔后来遇到了艾普尔，并结识了一群同样因外表缺陷而遭到排斥的鱼儿。在艾普尔的带领下，她们决定穿越火山，前往珊瑚礁寻找哈罗德。
与此同时，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪伴下四处寻找女儿，却始终没有结果，最终悲痛离开鱼群。成功穿越火山后，伊莎贝尔终于在珊瑚礁与父亲重逢。更令人惊喜的是，珊瑚礁女王竟然就是伊莎贝尔的母亲。一家人最终团聚，幸福地生活在一起。
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