柯南、小兰等人来到米花市市政大厅，参加最新游戏“茧”的发布会。这款与以往截然不同的游戏被认为可能彻底改变全球游戏业的价值观，因此吸引了日本政界、财经界和演艺界等上流社会人士到场。参与体验的50名玩家大多是这些人的后代，推理小说家工藤优作也因参与游戏故事编写而来到现场。
就在发布会热闹进行时，游戏研发者兼负责人坚村却在地下室遇害。柯南发现，坚村临死前曾在键盘的J、T、R键上留下血迹，由此推测案件的答案或许藏在游戏之中。在工藤优作的帮助下，柯南加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也获得了入场资格。
50名体验者分别进入外形如同蚕茧的“大型胶囊”后，游戏便被自称“诺亚方舟”的人工智能接管。“诺亚方舟”宣布，玩家将进入五个完全真实的历史场景之一；一旦被淘汰，便会陷入休眠，而如果最终没有人抵达终点，所有体验者的大脑组织都将被摧毁。它声称，这样做是为了让日本社会获得重生。柯南、小兰、灰原哀以及几名傲慢无礼的上流社会公子哥进入了19世纪伦敦的贝克街。此时，杀人犯开膛手杰克正在那里制造恐慌，而柯南苦苦追寻的线索，也隐藏在这场危机之中。与此同时，工藤优作则留在现实世界，继续调查坚村遇害的案件。
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