《精灵小王子 3D》讲述了一个发生在森林深处的冒险故事。远古陵墓里，精灵家族正忙着为13岁的小王子鲁道夫筹办生日派对。鲁道夫因不听父母劝告，意外引来了邪恶的精灵猎人，整个族群也随之陷入危机。猎人凭借各种高科技武器展开疯狂追捕，逃亡途中，鲁道夫与家人失散，误打误撞进入了13岁男孩托尼寄宿的城堡。
与其他人类不同，阳光善良的托尼并不害怕精灵，反而主动照顾鲁道夫，并瞒着父母与他一起对抗猎人。然而，鲁道夫的家人始终对托尼心存戒备。直到危急关头，托尼奋力救下鲁道夫一家，才终于赢得了精灵们的信任。接连被两个孩子挫败的猎人恼羞成怒，决定启动终极武器，摧毁被困在远古陵墓中的精灵族人。面对接踵而来的危机，托尼和鲁道夫毫不退缩，在家人的帮助下一次次化险为夷，并最终彻底击败了邪恶的精灵猎人。经历这场风波后，精灵与人类跨越种族隔阂，成为彼此信赖的朋友。
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