《风林火山1969》以日本战国时代为背景，讲述东海道甲斐的武田信玄（中村锦之助 饰）以《孙子兵法》中的“风林火山”为军旗，四处征战并声名远扬。中年浪人山本勘助（三船敏郎 饰）凭借谋略投身武田信玄麾下。武田军攻打昔日盟友诹访时，山本勘助全力协助信玄实施背盟战略，最终攻破诹访，并俘获诹访家千金由布姬（佐久间良子 饰）。
面对杀父仇人武田信玄，由布姬心怀怨恨。山本勘助却劝她成为信玄的侧室，并立下决心，要扶持两人的子嗣登上武田家主之位。在山本等家臣辅佐下，信玄与村上等强敌展开一场场激战；与此同时，为兑现对由布姬的承诺，山本勘助也在暗中为这对母子谋划未来。
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