《506哨所》中，GP是位于休战线边缘、非军事区最前沿警戒地带的哨兵，也是冷战结束后遗留下来的军人。2007年5月的一个雨夜，GP506的20名队员据称全部遭到一名士兵杀害。由于506哨所的队长是总参谋长的儿子，军方对此事格外重视，派卢搜查官（千浩振饰）前往调查，要求他在一夜之间查明真相。
当晚，搜查队进入506驻防的戒哨营，发现现场只剩下疑似凶手的士兵姜春元（李英勋饰）。然而，原本应有的20具尸体却少了一具。就在调查陷入疑云之际，众人又发现一名自称506队长柳中尉（赵显宰饰）的幸存者。惊魂未定的柳中尉拒绝透露事件经过，但倾盆大雨切断了通往外界的道路，他也只能向搜查队讲述哨所内发生的一切。
原来，506小队部分成员感染了一种神秘病毒，患病后变得极具攻击性。为了保住自己的仕途，柳中尉选择隐瞒病情、拒不上报，最终引发了部下的反抗，并酿成了哨所内的叛乱与屠杀。
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