《克娄巴特拉计划》将故事设定在公元前50年。帕萨特里安星人降临地球，对人类实施了一项足以改变历史的计划。与此同时，罗马军队攻打庞贝，并逐渐逼近埃及，这个延续千年的古老国度即将陷入战火。
默默无闻、相貌丑陋的克丽奥佩特拉（中山千夏 配音）被送入金字塔，在巫师的改造下脱胎换骨，成为倾国倾城的绝世美女。她的美貌很快征服了罗马统治者凯撒，英雄与美人的爱情传遍世界，而克丽奥佩特拉也由此成为埃及当之无愧的统治者。然而，就在她即将进驻罗马城之际，凯撒却战死沙场。随后，新任罗马执政官安东尼（なべおさみ 配音）率领大军逼近尼罗河畔。面对新的危机，这位埃及历史上的绝世美人将再次施展她的美人权术……
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