《六神合体》的故事发生在西历1982年，一道神秘光芒降落于日本明神礁。为了毁灭地球，异震星的祖鲁皇帝将尚在襁褓中的异震星人明神武，以及搭载反阳子炸弹的机器人盖亚一同送往地球。17年后，明神武长大成人，成为一名善良的少年。随着地球人开始迈向宇宙，地球防卫军组建了负责应对宇宙突发事件的精锐部队“CRUSHER”，明神武也加入其中，担任COSMO CRUSHER的射击手。然而，他的耳边始终反复响起一个神秘声音，命令他阻止地球人进入宇宙，并将地球彻底炸毁。此时他才逐渐发现，自己正是祖鲁皇帝为摧毁地球而安排的玛兹。
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