“第二次冲击”这场席卷世界的灾难过后，人类在满目疮痍的废墟上重新建立起新的秩序。14岁的碇真嗣奉父亲碇元渡之召，前往第3新东京市，本以为等待自己的会是父亲的迎接，却意外目睹了巨大生物“使徒”与军队交战的场面。危急关头，特务机关NERV的葛成美里救下真嗣，并将他带到由碇元渡统领的NERV总部。然而，父亲冷漠的态度与命令让真嗣措手不及——他必须驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人迎战使徒。原本拒绝执行任务的真嗣，在看到身负重伤的替补驾驶员绫波丽后，最终决定服从父亲的安排。就这样，从未接受过战斗训练的他，踏上了驾驶EVA初号机的道路。
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