《火影忍者疾风传剧场版：羁绊》讲述了空忍再次现身后的危机。某天，一群施展风遁之术的空忍突然袭击火之国，造成大量民众和忍者伤亡。纲手大人认出，这些人正是第二次忍者大战中战败的空之团，如今他们带着复仇之心卷土重来。卡卡西（井上和彦 配音）等人奉命调查空之团的据点；鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和雏田（水樹奈々 配音）则组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡救治伤者。与此同时，身患重病的大蛇丸得知神农已经完成再生之术，便派佐助（杉山纪彰 配音）去寻找神农。随着任务推进，佐助也再次与曾经的伙伴相遇，一段被命运牵引的重逢由此展开。
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