《侦探已死第二季》讲述了容易被卷入麻烦的少年君塚君彦，在一万米高空的客机上遇见名侦探少女希耶丝塔，并成为她对抗世界之敌的助手。此后整整三年，两人走遍世界各地，经历了一场场光怪陆离的冒险，最终在激烈的战斗中迎来生离死别。
希耶丝塔去世一年后，独自生活的君塚身边出现了一名自称委托人的少女夏凪渚。接受她的委托后，君塚再次成为助手，并逐步接近名侦探死亡的真相。然而，真相揭开之后，君塚等人才发现，完美无缺的名侦探也曾犯下过失，而继承她遗志的真正意义，也远比想象中更加复杂。
侦探已经死去，死亡的真相也终于水落石出。但属于他们的故事，距离终点仍然十分遥远。
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