《机动战士高达，闪光的哈萨维喀耳刻的魔女》的故事发生在“夏亚的反叛”引发的第二次新吉翁战争结束十二年后。宇宙世纪105年（U.C.0105），名为“马夫蒂”的反地球联邦组织以暗杀政府高官的方式，反抗实行强权统治的地球联邦政府。组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，正是曾与阿姆罗·雷并肩作战、被誉为一年战争英雄的布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。
尽管不断受到展现出奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语上的捉弄，哈萨维依然为了实现马夫蒂的目标而持续行动。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，收到了刑事警察机构汉德利·约克桑提出的秘密合作邀约。哈萨维与凯奈斯分别为了各自的目标展开行动，而琪琪也开始履行自己的使命。
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