邪神加坦杰厄与迪迦奥特曼的决战结束后，人类迎来了长达两年的和平生活。某日，入间队长随GUTS考古队前往南太平洋的远古遗迹露露耶，在那里再次发现了已经毁灭的超古代城市，以及三尊邪神石像：希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）和女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。尽管入间坚决反对继续触动遗迹，却无法改变上层的决定。随着遗迹被开启，三尊邪神重新复活，人类再次陷入危机。
与此同时，圆·大古（长野博 饰）和柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）彼此相知相守，即将携手走进婚姻殿堂。然而，邪神操纵爪牙向人类世界发动攻击。此时早已失去奥特曼力量的大古，面对突如其来的灾难，只能陷入无力应对的困境。
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