黑雨讲述了纽约警探尼克（迈克尔·道格拉斯 Michael Douglas 饰）的故事。这个桀骜不驯的离异男人正因涉嫌渎职接受风纪部门调查。一天，他与搭档文森（安迪·加西亚 Andy Garcia 饰）在餐厅意外卷入日本黑帮的一场内讧。两人最终抓住了主犯佐藤（松田优作 饰），却让佐藤抢来的神秘块状物在混乱中不知所踪。
日本方面要求引渡佐藤，尼克和文森只得押送他前往大阪。然而抵达机场后，尼克误把佐藤交给了乔装成日方人员的黑帮成员。为了挽回失误、追回人犯，尼克和文森以观察员身份留下调查，并在日本助理兼翻译松本正弘（高仓健 饰）的帮助下继续追查佐藤的下落。他们逐渐发现，佐藤正因涉及利用铜板制造假钞，与黑帮大老板菅井展开争斗。随着文森被佐藤一伙杀害，尼克在这座阴郁而陌生的城市里陷入更加危险的境地，但他仍执意追捕杀害搭档的凶手。
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