《机密复仇者：黑寡妇与惩罚者》讲述了冷酷无情的正义使者惩罚者卡斯尔（布莱恩·布鲁姆 Brian Bloom 配音）追查军火贩子该隐（Kyle Hebert 配音）的故事。在调查过程中，他结识了黑寡妇（詹妮弗·卡朋特 Jennifer Carpenter 配音）以及神盾局指挥官弗瑞（John Eric Bentley 配音）。神盾局担心尖端武器技术落入利维坦等恐怖组织手中，急于通过该隐追查被盗的技术资料。向来崇尚个人主义的卡斯尔最终采纳弗瑞的建议，与黑寡妇暂时结成搭档，但他并不愿受人摆布，始终坚持亲手抓捕恶贯满盈的该隐，因此与黑寡妇在行动中不断发生冲突。与此同时，黑寡妇意外遇见了曾在神盾局任职、按理说早已死亡的恋人艾利阿斯（Grant George 配音），并从他口中得知了利维坦正在实施的一项可怕计划……
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