《夏色的砂时计》讲述了一个拥有自由穿越时间能力的少年所经历的爱情故事。暑假前的结业式即将到来，牧村耕太郎终于下定决心，向自己暗恋已久的芹沢香穂表白。然而第二天醒来时，他却发现时间仿佛突然跳到了9月1日。更令人不安的是，他预感到香穂将在开学典礼上因车祸身亡。那究竟只是一场梦，还是未来的预兆？伴随着突如其来的眩晕，耕太郎从断断续续的未来片段中得知，自己与香穂成为恋人似乎已经是不可能的事。就在他为“香穂要死了，该怎么办”而陷入困惑时，来自未来的时间滚筒リージェン（丽简）出现在他面前。
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