一颗流星划过东京的夜空，随之降临人间的，还有希腊神话中象征纷争的黄金苹果。原本在孤儿院里与孩子们过着平静生活的善良女教师绘梨衣，受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的野心，她绑架女神雅典娜，并以黄金苹果将她牢牢束缚。
随着艾莉丝复活的，还有五位亡灵圣斗士：矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩和奥利安座渣加。此时，享受着和平生活的星矢、紫龙、瞬与冰河收到艾莉丝发来的挑战书，只得重新穿上圣衣，前往雅典娜被囚禁的地方。抵达圣域后，四人遭遇亡灵圣斗士的阻击，随即展开一场艰苦激烈的战斗，而雅典娜的处境也已危在旦夕。本片是动画《圣斗士星矢》的第一部剧场版。
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