《名侦探柯南：沉默的十五分钟》讲述了东都线地铁开通当天发生的一场爆炸袭击。东京都知事朝仓优一郎成为目标，爆炸不仅造成列车严重损毁，也让柯南（高山みなみ 配音）等人察觉到事件背后可能另有隐情。经过调查，他们推断这起袭击或许与八年前由朝仓主持修建的北之泽水坝有关。
当年，为了推进大坝工程，朝仓曾动员北之泽村的村民迁入新村，但直到最后阶段，仍有不少人坚决反对。为了查明事件真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也 配音）一同前往被白雪覆盖的北之泽。少年们在雪国中尽情玩耍之际，也遇见了山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等几名原北之泽村村民。
这些人从小一起长大，彼此之间却似乎隐藏着难以言说的芥蒂与秘密。炸弹袭击与北之泽水坝之间究竟存在怎样的联系，真相又会指向何方？本片是《名侦探柯南》系列第15部剧场版。
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