柯南、小五郎等人一同前往太平洋上的美丽小岛“神海岛”度假。岛上流传着一个古老传说：海底遗迹“海底宫殿”中，隐藏着300年前两名女海盗留下的宝藏。小兰和园子无视传闻，在“海底宫殿”附近潜水时，偶然遇到一群前来寻宝的猎人，没想到其中一人突然遭到鲨鱼袭击，当场身亡。小兰和园子侥幸逃脱，柯南却发现猎人的死状十分诡异，于是与灰原哀联手展开调查。
柯南推测，这起死亡事件或许与宝藏传说有着密切联系。随着调查深入，一个神秘词组“Jolly Roger（海盗旗）”浮出水面，仿佛让谜团出现了突破口。然而，原本已经找到宝藏线索的猎人突然现身，并将宝物偷走。与此同时，小兰和园子落入猎人手中，生命危在旦夕。流传300年的暗号究竟隐藏着什么信息？海底宫殿又埋藏着怎样的秘密？柯南能否解开穿越时光延续至今的谜题？
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