《小鱼历险记》讲述了十三岁男孩福来的奇幻冒险。一天，顽皮的福来带着妹妹史黛拉和堂兄恰克偷偷外出玩耍。史黛拉意外喝下邪恶博士马琪尔研制的变身药剂，身体变成了海星，而毫不知情的福来又将她丢进海里。
为了救回妹妹，福来和恰克喝下了另一种能让人类变成鱼的药物，随即潜入广阔的海洋。两人必须在四十八小时内找到史黛拉并恢复人形，否则就会永远保持鱼的模样，再也无法回到父母身边。与此同时，一条名叫约翰的鱼也服用了神奇药物，获得了不亚于人类的智慧，并组建军队，企图征服整个海洋王国。
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