1638年，饥荒肆虐，加之天主教徒遭到压迫，日本爆发了岛原之乱。德川幕府出动十二万大军镇压，最终击败了由以妖术闻名的天草四郎时贞（洼冢洋介 饰）率领的岛原军。天草临死之际施展妖术，使幕府的征讨将领陷入疯狂。
多年后，德川家康的第三子、当时将军的叔父、被誉为“南海之龙”的德川赖宣在狩猎时，意外遇见死而复生的天草及其侍女（麻生久美子 饰）。天草诱使赖宣凭借武力夺取权力，并向他展示了以女性身体为媒介、令死者复生的魔界转生之术。为实施这一计划，天草四处寻找女性作为转生载体，柳生一族也因此被卷入其中。柳生十兵卫（佐藤浩市 饰）与天草复活的昔日同门荒木又右卫门展开激战，并斩断了对方一臂。随后，天草又让宝藏院胤舜、柳生但马守宗矩、宫本武藏等高手相继进入魔界，与柳生十兵卫展开一场场生死搏杀……
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