小智、皮卡丘和伙伴们继续踏上旅途。一天，宝可梦波尔凯尼恩从天而降，意外与小智被一条神奇的锁链连接在一起，无论如何都无法分开。由于曾与遭人类伤害的宝可梦共同生活，波尔凯尼恩一直对人类抱有强烈的厌恶，却不得不和小智展开一段奇妙的同行之旅。
与此同时，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯终于得到了自己多年追寻的终极发明——诞生于500年前的阿佐特王国、由人类制造的宝可梦玛机雅娜。据说，玛机雅娜体内蕴藏着名为“魂心”的神秘力量。野心勃勃的贾维斯企图利用这股力量统治整个王国。
为了拯救阿佐特王国，小智和波尔凯尼恩必须化解彼此之间的隔阂。他们将面对怎样的挑战？波尔凯尼恩与玛机雅娜之间究竟有着怎样的联系？在与贾维斯的对抗中，玛机雅娜又将迎来怎样的命运？一场关乎宝可梦与王国未来的激战即将展开。
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