科学小怪蛋的故事发生在瘴气镇。这里终年被风暴笼罩，镇上所有刚出生且患有驼背的孩子，都会被疯狂科学家带走，成为他们的助手，而且这些孩子无一例外都叫伊戈尔。小镇的科学家们以创造邪恶发明为荣，每年在全国邪恶科学大展上夺得冠军，更是他们梦寐以求的荣耀。
其中一名科学家的助手伊戈尔由约翰·库萨克配音。他不甘一生都只是助手，渴望凭自己的能力成为科学家，并在展会上赢得第一名。就在展会开幕前两周，他的主人格里肯斯坦博士由艾迪·伊扎德配音，突然猝死。伊戈尔将这场意外视为改变命运的机会，不惜冒着被处以死刑的风险，冒充博士参加比赛。随后，他在短时间内创造出了自己的第一件发明——伊娃，由莫莉·香侬配音。然而，冒名顶替的秘密终究还是被人发现。面对身份暴露和重重危机，伊戈尔将如何化解困境，实现成为科学家的梦想？
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