《芭比之拇指姑娘》的故事发生在气候宜人、景色秀美的郁金香花园。桑贝琳娜（裘蒂·班森 Jodi Benson 配音）是一位美丽善良的小精灵，平日里和朋友们相伴生活，每天都过得轻松自在。得知即将有新的小精灵诞生后，她和伙伴们兴奋不已，开始为迎接新生命做各种准备。
然而，就在这时，挖掘机突然闯入郁金香花园，对这片赖以生存的家园展开大肆破坏。面对即将被毁的家园，桑贝琳娜必须想办法阻止这一切。一次偶然的机会，她来到了现代大都市，并在那里结识了人类女孩麦佳娜。相处过程中，两人逐渐成为朋友。为了拯救郁金香花园，桑贝琳娜决定依靠自己的力量展开行动，而她的努力最终能否得到回报？
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