《赛尔号大电影之寻找凤凰神兽》讲述了一张古老神秘的地图现世后，引发宇宙各方争夺的故事。地图上记载着一种传说中从未有人见过的特异精灵，也因此掀起了一场腥风血雨。平凡的机械师小墨（杨欧配音）意外卷入宇宙海盗美利图（杨梦露配音）策划的阴谋，不仅被对方俘虏，还使赛尔号陷入前所未有的危机。
为了守护赛尔号，小墨不得不与懦弱胆小的播音员乔森（杨海音配音）以及爱吹嘘的厨师老汪（刘钦配音）结成同盟。面对强大邪恶的银河美利图军团，这群看似不太可靠的伙伴成为赛尔号最后的防线。他们能否凭借智慧与勇气战胜邪恶、守护正义，成为故事最大的悬念。
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