《钢铁侠：噬甲危机》中，斯塔克公司即将发射最新研发的天幕卫星“霍华德”。这颗卫星拥有极其强大的监视能力，因此引发了不小的争议。与此同时，托尼·斯塔克正兴致勃勃地穿上铠甲，与战争机器詹姆士·罗德展开一场场惊险刺激的较量。
发射行动进行之际，代号“突击兵”的武装机器人突然闯入发射场，与钢铁侠和战争机器爆发激烈混战。另一边，指挥部内出现了一名自称以西结的神秘白色铠甲人，他释放出诡异的生物细胞，将眼前所有生物全部杀死。钢铁侠在与以西结的交锋中惨败，指挥塔也随之彻底毁灭。
事后，托尼拒绝向神盾局透露事件详情，转而独自寻找正在休假的佩珀·波茨，与她联手调查以西结的真实身份和隐藏目的。神盾局对斯塔克步步紧逼的同时，潜伏在暗处的敌人也不断对他发起袭击。
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