《麦兜，菠萝油王子》的故事从城市变迁中的大脚咀开始。随着拆迁浪潮席卷而来，麦兜居住的旧区也难逃被改变的命运，但天真无忧的他并没有认真想过拆迁究竟意味着什么。新学期到来，春田花花幼稚园为了让孩子们适应竞争激烈的社会，开设了耍赖、诈死等古怪又惹人发笑的新课程。麦太则早早在樟木头买下一块墓地，为将来寻找一个安身之处。
时光流转，故事回到了麦兜父亲菠萝油王子的年代。王子跟随师傅外出时接连遭遇怪事，甚至失去了王子的身份，另一个长得像他的人代替他回宫做起了王子。浑浑噩噩的菠萝油后来遇见了阿莲，也就是未来的麦太，两人过上平凡而庸碌的生活。然而每到夜深人静时，他仍会想起自己的王国，眼中泛起泪光。阿莲怀孕后，菠萝油重逢了曾经送薄饼的龟仔和同行的师傅，三人决定回去复国。临行前，菠萝油告别阿莲，并告诉她：如果明天听不到王子复国的消息，就永远把他忘掉。
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