《麦兜·我和我妈妈》讲述了一位重案组老警察的故事。入职三十年来，他侦破过许多大案要案，身上也留下了伤痕和弹孔，但生活却始终一团糟：妻子与他离婚，儿子也嫌弃他身上的臭味。与此同时，青年私家侦探波比（黄磊 配音）正处在人生巅峰，不仅被FBI邀请授课，关于他的动画片也持续热播，使他俨然成了福尔摩斯般的传奇人物。
在调查一起密室杀人案时，走投无路的老警察不得不请波比出手相助。波比为何拥有如此出众的推理能力？这一切似乎都与他的妈妈麦太（吴君如 配音）密不可分。面对崇拜自己的孩子们不断追问，波比的思绪逐渐回到童年，想起自己还是麦兜（张正中 配音）时，和妈妈共同度过的那段快乐无忧的时光，而所有美好，或许早已悄然注定。
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