《名侦探柯南：银翼的魔术师》中，知名舞台剧女演员牧树里收到怪盗基德的预告信。信中写道，他将在26个字母盘旋飞舞之际，前来取走无价之宝“命运的宝石”。受牧树里委托，毛利小五郎负责分析这封信，并推断基德会在演出最后一晚现身盗宝。于是，当晚毛利小五郎带着柯南、小兰等人来到剧场，而现场早已部署了大批警察。
令柯南意外的是，基德竟然伪装成工藤新一出现在众人面前。众人经历一番紧张对峙后，宝石却并未被盗。柯南随即意识到，预告信中的字母或许与航班有关。与此同时，柯南、小兰、牧树里及她的同事搭乘前往北海道的飞机，而机舱内，一场精心策划的杀人计划也正在悄然展开。
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