经过上百万年的漫长进化，熊猫一族历经重重磨难，才繁衍至今。如今，尽管濒临灭绝的熊猫得到了人类的悉心保护，一场前所未有的灾难却正悄然逼近它们的家园：狂风暴雨即将引发洪水，整个熊猫族群都可能因此遭受灭顶之灾。为了守护子孙后代，熊猫祖先们向熊猫菩萨（赵忠祥 配音）寻求指引。菩萨预言，一只继承祖先智慧的超级熊猫即将诞生，并肩负起拯救族群命运的使命。
与此同时，森林里出生了一只名叫潘迪（何炅 配音）的小熊猫。年幼的他天性顽皮，常常闯出各种麻烦，也在一次次考验中不断成长。旅途中，潘迪结识了许多朋友，并在祖先之一（李扬 配音）的冥冥指引下，逐渐意识到自己的责任，开始承担起关系熊猫一族未来的重任。
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