《士兵的荣耀》讲述了公安边防支队侦查大队特勤排排长秦胜男，在一次处置突发事件的行动中因违抗上级命令身受重伤，随后被撤销职务，按老兵退伍处理。临别之际，支队长勉励她：“有缺点的战士终归是战士，完美的苍蝇毕竟是苍蝇。”并嘱咐她永远记住这句话。
退伍后的秦胜男拖着假肢在工地谋生，偶然遇到了曾前往体院招兵的海军陆战队副连长马远征。两人在不知不觉间卷入一场与秦胜男前男友钱鑫有关的暴恐分子武器偷运事件，并逐渐发现，当初秦胜男被撤销职务，其实只是为了蒙蔽敌人的特殊安排。就这样，一场关乎智慧与力量的较量，在士兵与暴恐分子之间悄然展开。
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