《宋慈洗冤录》中，宋慈凭借精湛的法医探案技艺，在层层困境中抽丝剥茧，从细微线索入手，以确凿证据逐步逼近真相，侦破一桩桩看似离奇的悬案。影片展现了中国古代法医技术的先进与高超，歌颂中华优秀历史人物，弘扬爱国主义情怀。
边关老友三将军的一封来信，让宋慈深感忧虑。三将军托他前往边关保护赵毅，并确保即将举行的边关祭祀大典顺利进行。此时，化名胡夭夭的安阳郡主也赶来相助，却以皇家令牌相要挟，迫使宋慈带她一同前往边关。
宋慈抵达当天，赵毅恰逢在刑场被斩。情势危急之下，宋慈设法救下赵毅，并通过“胡麻画尸”查出了案件的第一条线索。随着调查不断深入，一桩桩诡异的人命案接连发生，隐藏在边关祭祀大典背后的真相也逐渐浮出水面。
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